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运行一个运行python程序的shell脚本，然后运行一个R程序: 我有一个shell脚本，它运行一个Python程序来预处理一些数据，然后运行一个R程序来执行一些长时间运行的任务。我正在学习使用Docker，而且我一直在运行 FROM r-base:latest FROM python COPY . /usr/local/src/scripts WORKDIR /usr/local/src/scripts CMD ["./myscript.sh"] 据我了解，它有以下几点：得到R. 获取Python 复制我的当前目录到/usr/local/src/scripts 将目录切换到/usr/local/src/scripts 运行./myscript.sh 在myscript.sh里面我使用R CMD …语法来运行我的R脚本。但是，当这个泊坞窗图像运行时，我得到以下错误： ./myscript.sh: line 8: R: command not found 这表明脚本在容器中运行时，不能识别R程序。我可以确认./myscript.sh在本地工作，但我不能公开任何专有代码。

Docker – R创build多个进程: 我正在创build一个docker container ，我正在安装R 问题是，当在容器中运行R时，主R进程会创buildn个ncores – 1进程ncores – 1进程。所以当我的笔记本电脑上运行8 cores ，我得到1 R process和7 R subprocesses 1 R process 。我也尝试configuration我的Docker文件类似于这样： https://github.com/rocker-org/rocker/blob/eeb9c8a5f416f7cfe982734440e39fa72abbcb33/r-base/Dockerfile 但仍然没有工作。多克尔文件： FROM ubuntu:14.04 RUN sed -e 's/archive\.ubuntu/at\.archive\.ubuntu/g' -i /etc/apt/sources.list RUN apt-get update RUN apt-get -y install libatlas3-base RUN apt-get -y install libopenblas-base RUN apt-get -y install r-base RUN apt-get -y install r-base-dev RUN […]

validation安装到docker集装箱中的R软件包: 有没有人有任何validationR包安装到docker集装箱的最佳做法？我想将我的容器设置为在CI服务上运行，并validation我的软件包是否已安装，但是由于我在本地构build了它，日志似乎很难确定安装了哪些软件包，哪些没有安装。如果让CI服务为我做这件事，或者使用一个简单的批处理脚本来validation软件包被安装，那将是很好的。以下是我目前的dockerfile： FROM rocker/tidyverse:latest RUN mkdir -p $HOME/.R COPY R/Makevars /root/.R/Makevars RUN apt-get update -qq \ && apt-get -y –no-install-recommends install \ liblzma-dev \ libbz2-dev \ ed \ clang \ ccache \ default-jdk \ default-jre \ && R CMD javareconf \ && install2.r –error \ ggstance ggrepel \ rstan shinystan rstanarm \ ###My […]

Dockerfile不安装ggmap: 当我试图通过docker集装箱运行一个项目时，出现错误。图片失败，说ggmap没有安装，尽pipe它在Dockerfile中被调用。这里是我的存储库的链接： https ： //github.com/TedHaley/tree_value.git 这是我的dockerfile看起来像： FROM rocker/tidyverse RUN Rscript -e "install.packages('devtools')" RUN Rscript -e "install.packages('ezknitr')" RUN Rscript -e "install.packages('lubridate')" RUN Rscript -e "install.packages('dplyr')" RUN Rscript -e "install.packages('readr')" RUN Rscript -e "install.packages('ggplot2')" RUN Rscript -e "install.packages('rgdal')" RUN Rscript -e "install.packages('broom')" RUN Rscript -e "install.packages('maptools')" RUN Rscript -e "install.packages('gpclib')" RUN Rscript -e "install.packages('packrat')" RUN Rscript […]

防止重复安装软件包，或者预先在R中安装软件包: 我有一个R脚本，我使用rpy2从python调用。它使用dplyr，doBy和ggplot2。该脚本具有这3个包的install.packages命令。即使已经安装了软件包，它仍然会下载，构build和安装它们，这非常耗时。有没有办法让它只做安装如果包尚未安装？另外，我运行在Docker容器中，所以在容器被实例化之后，脚本运行的第一次不在那里。有没有办法预加载包，在这种情况下，我不会需要这些包的install.packages命令，我的上述问题将变得没有意义。

在摇滚/shinydocker中部署shiny的应用程序: 那么，我是新来的Docker ，我需要在Docker容器中实现一个Shiny应用程序。我有从https://hub.docker.com/r/rocker/shiny/ ，包括Shiny Server ，但我不知道如何部署我的应用程序在服务器中的形象。我想在服务器上部署应用程序，为我的应用程序安装所需的包到Docker中，保存更改并导出图像/容器。正如我所说，我是新的在Docker ，我不知道它是如何工作的。任何想法？

无法在Docker镜像中安装R软件包: 这似乎是因为法律上的原因，Java不能在Docker镜像中单独安装，而是必须使用Java镜像。我正在使用一个Java图像，与R安装，因为我需要它，但是当我安装一个R包，我得到一个错误下面是我的Dockerfile： FROM buildpack-deps:jessie-scm # A few problems with compiling Java from source: # 1. Oracle. Licensing prevents us from redistributing the official JDK. # 2. Compiling OpenJDK also requires the JDK to be installed, and it gets # really hairy. RUN apt-get update && apt-get install -y –no-install-recommends \ bzip2 \ unzip \ […]

Docker Centos 7上的gdata :: installXLSXsupport（）出现错误: 我尝试在Docker镜像中的Centos7上安装带有XLSX支持的gdata包。运行命令gdata :: installXLSXsupport（）失败。我的Dockerfile如下所示： FROM centos:latest RUN yum install -y https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm RUN yum install -y R RUN yum install -y libcurl-devel RUN yum install -y openssl-devel RUN yum install -y libssh2-devel RUN yum install -y libxml2-devel RUN yum install -y perl-CPAN RUN R -e "install.packages('gdata', repos='https://cran.rstudio.com/')" RUN R -e "gdata::installXLSXsupport()" 生成过程崩溃的最后一步与消息： Step 10/10 : […]

在受版本控制的Docker镜像中开发: 目前有一个pipe道，我用它来build立报告在R和发布在Jekyll 。我把我的文件保存在github的版本控制下，到目前为止工作得很好。最近我开始考虑如何让R ， Ruby和Jekyllbuild立一个docker的形象，让我的同事可以下载并运行相同的报告，而不必在电脑上安装所有的软件包和gems。我看着Docker Hub，发现git提交的自动构build是一个非常有趣的function。我想要构build一个可用于运行此configuration的映像，并将其保留在版本控制之下，并在Docker Hub中保持最新。这样的工作怎么样？如果我只保留了当前的设置，我可以添加一个dockerfile到我的repo中，Docker Hub将为我构build我的映像，我只是觉得在相同的映像上运行我的工作会很有趣。任何想法如何这样的pipe道可能工作？

Dockerizing在R中使用mxnet软件包的应用程序: 我正在使用“mxnet”软件包dockerizing一个shiny的应用程序。经过大量的努力，我得出结论，我需要构build和安装包，而不是通常从dmlc仓库安装它。下面是我简化的dockerfile，试图构build和安装mxnet： FROM r-base:latest RUN apt-get update && apt-get install -y \ sudo \ gdebi-core \ pandoc \ pandoc-citeproc \ libcurl4-gnutls-dev \ libcairo2-dev/unstable \ libxt-dev \ libssl-dev # Download and install shiny server RUN wget –no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os- build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" && \ VERSION=$(cat version.txt) && \ wget –no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os- build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb && \ […]