如何在Dockerfile中添加git repopath？
有人可以告诉我如何在Dockerfile中添加git repopath。 这是我的Docker文件
FROM ubuntu:14.04.3 MAINTAINER Upendra Devisetty RUN apt-get update && apt-get install -y g++ \ make \ git \ zlib1g-dev \ python \ wget \ curl \ python-matplotlib \ python-numpy \ python-pandas ENV BINPATH /usr/bin RUN git clone https://upendra_35@bitbucket.org/upendra_35/evolinc_docker.git RUN chmod +x /evolinc_docker/evolinc-part-I.sh && cp /evolinc_docker/evolinc-part-I.sh $BINPATH RUN wget -O- http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz | tar xzvf - RUN wget -O- https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/2.0.1.tar.gz | tar xzvf - RUN wget -O- http://seq.cs.iastate.edu/CAP3/cap3.linux.x86_64.tar | tar vfx - RUN curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz > ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz RUN tar xvf ncbi-blast-2.3.0+-x64-linux.tar.gz RUN wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.10/Python-2.7.10.tgz RUN tar -zxvf Python-2.7.10.tgz RUN cd Python-2.7.10 && ./configure && make RUN cd .. RUN wget -O- http://ftp.mirrorservice.org/sites/download.sourceforge.net/pub/sourceforge/q/qu/quast/quast-3.0.tar.gz | tar zxvf - RUN wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/latest/download?source=files && tar xvf download\?source\=files RUN cd bwa-0.7.12 && make RUN cd .. ENV PATH /cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/:$PATH ENV PATH /TransDecoder-2.0.1/:$PATH ENV PATH /CAP3/:$PATH ENV PATH /ncbi-blast-2.3.0+/bin/:$PATH ENV PATH /Python-2.7.10/:$PATH ENV PATH /bedtools2-2.25.0/bin/:$PATH ENV PATH /samtools-bcftools-htslib-1.0_x64-linux/bin/:$PATH ENV PATH /bwa-0.7.12/:$PATH ENTRYPOINT ["/usr/bin/evolinc-part-I.sh"] CMD ["-h"] 当我运行这个
docker run --rm -v $(pwd):/working-dir -w /working-dir ubuntu/evolinc -c AthalianaslutteandluiN30merged.gtf -g TAIR10_chr.fasta -r TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated.fa -b TE_RNA_transcripts.fa -t AnnotatedPEATPeaks.gff -x Atha_known_lncRNAs.mod.gff
我得到这个错误
python: can't open file 'get_gene_length_filter.py': [Errno 2] No such file or directory
我不明白的是，如何将git代表添加到path中，以便可以打开回购中的所有脚本。
你正在做RUN git clone https://upendra_35@bitbucket.org/upendra_35/evolinc_docker.git没有指定它将被克隆的地方。
wget命令也一样。
您可能需要先设置WORKDIR而不是将所有内容都转储到/默认情况下。 请参阅Dockerfile WORKDIR 。
你的脚本evolinc-part-I.sh可能希望在特定的path中find这些资源：如果你能够在你的本地机器上运行这个脚本（没有docker），通过运行带有bash的容器来比较你的映像，探索安装在哪里。