在Dockerfile中添加R包来安装Github

我如何使用github和我的Dockerfile添加R包的安装指令。

R环境中的常用命令是：

devtools::install_github("smach/rmiscutils") 

但迄今为止没有成功。 试图添加github回购安装说明：

 RUN install2.r --error \ -r 'http://cran.rstudio.com' \ -r 'http://github.com/smach/rmiscutils' 

但是我得到一个错误：

 error in download. Status was '404 Not found' 

也许使用香草R调用，但不能命令。 任何提示？

Answer 1

尝试这个：

 RUN installGithub.r smach/rmiscutils \ && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ 

一个好的做法是删除所有下载的软件包以减less图像大小。

这里添加命令从Bioconductor安装时（如果有人在这里寻找帮助）

 RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \ phyloseq \ && rm -rf /tmp/downloaded_packages/