condas`source activate virtualenv`在Dockerfile中不起作用

脚本

我正在试图build立一个简单的docker镜像（ 对于docker来说我是个新手，所以请纠正我可能的错误观念 ），它基于public continuumio / anaconda3容器。

Dockerfile ：

 FROM continuumio/anaconda3:latest # update conda and setup environment RUN conda update conda -y \ && conda env list \ && conda create -n testenv pip -y \ && source activate testenv \ && conda env list 

通过docker build -t test .构build和映像docker build -t test . 以错误结束：

 /bin/sh: 1: source: not found 

激活新的虚拟环境时。

build议1：

按照这个答案，我试过了：

 FROM continuumio/anaconda3:latest # update conda and setup environment RUN conda update conda -y \ && conda env list \ && conda create -y -n testenv pip \ && /bin/bash -c "source activate testenv" \ && conda env list 

这似乎起初工作，因为它输出： prepending /opt/conda/envs/testenv/bin to PATH ，但conda env list以及echo $PATH清楚地表明它不：

 [...] # conda environments: # testenv /opt/conda/envs/testenv root * /opt/conda ---> 80a77e55a11f Removing intermediate container 33982c006f94 Step 3 : RUN echo $PATH ---> Running in a30bb3706731 /opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin 

docker文件作为一个MWE是可以工作的。 我很欣赏任何想法。 谢谢！

Answer 1

使用docker ENV指令可以将虚拟环境path持久地添加到PATH 。 虽然这不能解决conda env list列出的选定环境。

见MWE：

 FROM continuumio/anaconda3:latest # update conda and setup environment RUN conda update conda -y \ && conda create -y -n testenv pip ENV PATH /opt/conda/envs/testenv/bin:$PATH RUN echo $PATH RUN conda env list 

Answer 2

在ccauet的答案（我无法去工作）上捎带，并且查尔斯·杜菲（Charles Duffey）对这个问题的评论不仅仅是PATH ，而是关于这个问题。

在激活环境时，conda会设置以下variables，以及一些在停用环境时可以引用的备份默认值。 这些variables已经从Dockerfile中省略了，因为根conda环境不需要再次使用。 作为参考，这些是CONDA_PATH_BACKUP ， CONDA_PS1_BACKUP和_CONDA_SET_PROJ_LIB 。 它也设置PS1为了显示(testenv)在terminal提示行的左边，也被省略。 以下陈述将做你想要的。

 ENV PATH /opt/conda/envs/testenv/bin:$PATH ENV CONDA_DEFAULT_ENV testenv ENV CONDA_PREFIX /opt/conda/envs/testenv 

为了缩小创build的图层数量，您可以将这些命令组合成一个ENV命令，并同时设置所有的variables。

可能还有一些其他的variables需要根据包来设置。 例如，

 ENV GDAL_DATA /opt/conda/envs/testenv/share/gdal ENV CPL_ZIP_ENCODING UTF-8 ENV PROJ_LIB /opt/conda/envs/testenv/share/proj 

获取此信息的简单方法是在根环境中调用printenv > root_env.txt ，激活testenv ，然后调用printenv > test_env.txt ，并检查diff root_env.txt test_env.txt 。