泊坞窗图像testing:找不到文件
我做了一个docker形象,并试图testing它。 如果我检查应用程序的版本,图像看起来很好,但如果我给一个合法的命令找不到该文件:
| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc --version
FastQC v0.11.4
| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc /Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz
跳过“/Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz”不存在或无法读取
我试图把文件path放在引号中,但得到了相同的结果。 我究竟做错了什么? 我应该如何testingdocker图像?
谢谢!
您正试图运行一个泊坞窗图像,并将其传递给主机中的文件,而不是在泊坞窗容器内。 这是行不通的。
事实上,主机和容器的文件系统是分开的(这就是docker的一个很酷的东西)。
如果您想按照自己的方式运行命令,则需要在主机和docker容器之间共享卷。 尝试像这样运行你的命令:
docker run -ti -v "/Users/jedi/Documents/raw_data/:/Users/jedi/Documents/raw_data/" us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc "/Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz"
这样你就可以在你的主机和你的容器之间共享/Users/jedi/Documents/raw_data/
文件夹,这个命令应该可以工作。